В 40-х гг. XX в. роль довольствующего финансового органа сил флота на Тихом океане выполняло отделение отдела снабжения главного военно-морского порта Владивостока. 19 февраля 1934 г. был сформирован военно-финансовый отдел Морских сил Дальнего Востока (МСДВ), являвшийся распорядителем кредитов второй степени. Начальником военно-финансового отдела МСДВ был назначен И.Т. Курехин.

В январе 1935 г. Военно-финансовый отдел МСДВ переименован в финансовый отдел Тихоокеанского флота.

В 1947 г. в связи с разделением Тихоокеанского флота на 5-й и 7-й флота (объединены в Тихоокеанский флот в 1953 г.) начальником финансового отдела 5-го флота был назначен И.И. Жуков, начальником финансового отдела 7-го флота — В.Н. Дубровский.

В 1982 г. финансовый отдел Тихоокеанского флота переименован в финансовую службу.

С 1993—1994 гг. на базе финансовой службы всех флотов были сформированы финансово-экономические управления. С 1995 г. должность начальника финансово-экономического управления флота переименована в должность помощника ко­мандующего флотом по финансово-экономической работе — начальника управления со штатной категорией «генерал-майор».

В 1998 г. директивой Главного штаба ВМФ штатная категория помощника командующего флотом по финансово-экономической работе — начальника управления была понижена с генерал-майора до полковника, что снизило статус не только конкретного должностного лица, но и финансовой службы в целом. В июне 1998 г. из состава финансово-экономических управлений фло­тов выведена финансовая инспекция, а финансово-плановое и экономическое отделения финансово-экономических управлений преобразованы в отделы.

В 1998 г., затем с августа 2001 г. финансово-экономические управления флотов перешли на новый штат. 

Предназначение, задачи, штатная структура финансово-экономических управлений конкретных флотов, права и обязанности начальников управлений определены соответствующими положениями о финансово-экономическом управлении, разработанными на каждом флоте.